همزمان با اصرار آژانس بین‌المللی انرژی اتمی به لزوم طی روند اصولی و درست برای انجام تحقیقات درباره ابهامات موجود در برنامه اتمی تهران، محمد اسلامی، رئیس سازمان انرژی اتمی جمهوری اسلامی، روز چهارشنبه، ۲ شهریور ۱۴۰۱، وجود سایت‌های هسته‌ای اعلام‌نشده در ایران را از اساس رد کرد و گفت که حکومت ایران «هیچ سایت هسته‌ای اعلام نشده‌ای ندارد» و مکان‌ها و موارد ادعایی آژانس بین‌المللی انرژی اتمی در این زمینه را «ساخته‌وپرداخته منافقین و صهیونیست‌ها» دانست.

اسلامی در ادامه اظهاراتش درباره رویکرد دولت اسرائیل به فعالیت‌های هسته‌ای جمهوری اسلامی ایران گفت:«آنها عملیات تروریستی و خرابکاری‌های صنعتی انجام داده‌اند تا برنامه هسته‌ای ما را از بین ببرند.»

به‌ گفته رئیس سازمان انرژی اتمی جمهوری اسلامی ایران، پرسش‌های آژانس بین‌المللی انرژی اتمی درباره سایت‌های گزارش نشده در ایران بخشی از یک «عملیات روانی سیاسی و رسانه‌ای» به‌حساب می‌آید که هدفش ایجاد اختلال در فرایند مذاکرات احیای برجام است؛ مذاکراتی که مقام‌های جمهوری اسلامی از آن تحت عنوان «مذاکرات لغو تحریم‌ها» یاد می‌کنند.

این سخنان اسلامی همزمان با آخرین اظهارات رافائل گروسی، مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، درباره ابهام‌های موجود در فعالیت‌های هسته‌ای حکومت ایران، ایراد شد.

گروسی در گفتگویی که روز سه‌شنبه با شبکه پی‌بی‌اس آمریکا انجام داد، به این سئوال که آیا حکومت ایران تاکنون درباره ذرات اورانیوم کشف‌ شده در برخی سایت‌های گزارش نشده‌اش، توضیحی به آژانس داده است یا نه؟ پاسخ منفی داد.

گروسی تاکید کرد زمانی‌ که آٰژانس در یک مکان گزارش نشده «آثار مواد هسته‌ای» پیدا می‌کند، ملزم به تحقیق در این زمینه است. او در مورد کشف ذرات اورانیوم با منشا انسانی در برخی سایت‌های هسته‌ای گزارش‌نشده متعلق به جمهوری اسلامی ایران، گفت:«ما باید توضیح کافی داشته باشیم که آیا فعالیتی در آنجا بوده است یا خیر و اینکه چه نوع فعالیتی بوده و چه نوع موادی [در این مکان‌ها] وجود داشته است.»

به‌گفته مدیرکل آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، مقام‌های جمهوری اسلامی ایران در این زمینه آگاهی کافی دارند و می‌دانند که باید به پرسش‌های آژانس درباره سایت‌های اتمی گزارش نشده‌شان پاسخ دهند.

یکی از موارد اختلاف میان تیم مذاکره کننده حکومت ایران با کشورهای غربی بر سر شبهه‌هایی است که آژانس بین‌المللی انرژی اتمی درباره آثار اورانیوم کشف‌شده در سه سایت هسته‌ای جمهوری اسلامی دارد. آژانس بین‌المللی انرژی اتمی، با استناد به مدارکی که به‌ وسیله دولت اسرائیل در اختیار جامعه بین‌المللی قرار گرفت، ادعا می‌کند آثار اورانیوم‌ کشف شده در این سایت‌ها نگرانی آژانس درباره احتمال جنبه‌های نظامی فعالیت هسته‌ای تهران را افزایش داده است.

اسلامی در بخشی از صحبت‌های روز چهارشنبه‌اش گفت جمهوری اسلامی و شش قدرت جهانی در سال ۲۰۱۵ به این توافق رسیدند که در ازای محدود شدن برنامه اتمی تهران و افزایش نظارت بر آن در ازای رفع تحریم‌ها اعتمادسازی صورت گیرد. 

این در حالی است که ادعای آژانس بر مدارکی استوار است که دولت اسرائیل پس از انعقاد قرارداد برجام در تیر ماه ۱۳۹۴، در اختیار جامعه بین‌المللی قرار داد.  

روزنامه وال‌استریت ژورنال با انتشار گزارشی در روز پنجشنبه ۱۱ اوت ۲۰۲۲، نوشت که طرف‌های غربی مذاکرات احیای برجام پیشنهاد داده‌اند اگر جمهوری اسلامی ایران به پرسش‌های آژانس بین‌المللی انرژی اتمی پاسخ دهد و به «شفاف‌سازی» موضوع کمک کند، ایالات متحده آمریکا و کشورهای اروپایی نیز از شورای حکام تقاضا می‌کنند تا تحقیقات آژانس در مورد فعالیت‌های هسته‌ای حکومت ایران در سال‌های گذشته را متوقف کند؛ هر چند گروسی پیش‌ از این بارها اعلام کرده بود که هرگز تحقیقات در این زمینه را متوقف نخواهد کرد و شورای حکام از نظر حقوقی موظف به انجام تحقیقات است.